Claude Godbout a débuté sa carrière cinématographique comme acteur, en 1964, dans le long-métrage de Gilles Groulx Le chat dans le sac. Suite à un séjour de perfectionnement à Paris, il délaisse graduellement ses activités d’acteur pour co-réaliser, avec Georges Dufaux, L’homme Multiplié (1969). En 1970, il est membre fondateur des Productions Prisma.
Pendant trente ans, Claude Godbout et l’équipe de Prisma produisent plusieurs longs-métrages, des documentaires et des centaines d’émissions pour la télévision canadienne et étrangère. Parmi ces oeuvres, nous retrouvons : Les Ordres (1974) de Michel Brault et Les Bons débarras (1979) de Francis Mankiewicz. Il a produit également : Comme les six doigts de la main (1978) d’André Melançon ; Les servantes du bon Dieu (1978) de Diane Létourneau ; Platinum (1997) de Bruce McDonald; la série télévisée Urgence de Réjean Tremblay et Fabienne Larouche et Earthwatch de Donald Brittain. Claude Godbout a réalisé, dans la série Les grandes villes du monde (Pathé Cinéma), le documentaire Montréal ainsi que Profession Écrivain.
Depuis, il a collaboré à de nombreux développements de projets et produit le documentaire Le journal d’un fou (2001) de Mark Blandford. Il a participé à titre de producteur associé à la mini-série René Lévesque réalisée par Marc Renaud. En 2004, il a été conseiller à la scénarisation et à la production de La Chambre 13, une série dramatique qui réunit les oeuvres de plusieurs jeunes réalisateurs. Depuis 2006, il se consacre à la réalisation de La génération 101 (2008). Il agit présentement à titre de producteur et de conseiller à la scénarisation pour la série documentaire Cinéma Québécois.